Factura electrónica para médicos en El Salvador (2026)

Terminas la consulta, el paciente pregunta cuánto es y pide factura. Hasta hace poco eso era sacar el talonario. Ahora Hacienda está pasando a los contribuyentes, grupo por grupo, a la factura electrónica, y muchos médicos se enteran cuando les llega la notificación.

La duda suele ser la misma: ¿ya me toca?, ¿qué tengo que hacer?, ¿puedo seguir con el facturador gratuito de Hacienda o necesito un sistema?

En esta guía vas a encontrar qué es un DTE, cómo confirmar si estás obligado, qué documentos emite normalmente un consultorio y qué revisar antes de elegir con qué facturar. No sustituye a tu contador: los casos particulares se revisan con él.

Qué es la factura electrónica (DTE)

DTE significa documento tributario electrónico. Es la versión digital de la factura, el comprobante de crédito fiscal o la nota que antes imprimías. La diferencia está en el camino que recorre:

1. El sistema arma el documento con tus datos y los del cliente.
2. Lo firma con tu certificado de Hacienda.
3. Lo envía al Ministerio de Hacienda.
4. Hacienda lo revisa y le devuelve un sello de recepción.
5. El cliente recibe el documento (en PDF y en el formato oficial) con ese sello y un código QR para consultarlo.

Con el sello, el documento tiene la misma validez que el impreso. Sin el sello, no.

¿Estoy obligado a facturar electrónicamente?

Hacienda no publicó una sola fecha para todos. Ha ido notificando a los contribuyentes por grupos y cada uno tiene su propia fecha de inicio. La forma segura de saberlo es consultar tu NIT en el portal de factura electrónica de Hacienda (factura.gob.sv) o preguntarle a tu contador.

Si todavía no estás obligado, puedes empezar de forma voluntaria. Muchos médicos lo hacen cuando una aseguradora o una empresa empieza a pedirles comprobante de crédito fiscal electrónico.

Dos datos de 2026 que conviene tener presentes:

• Plazo para invalidar: desde febrero de 2026 hay hasta 90 días para invalidar una factura ya emitida.
• Normativa 2.0: Hacienda actualizó la normativa y los formatos de los documentos. Si usas un sistema propio o de un proveedor, pregunta si ya emite con los formatos vigentes.

¿La consulta médica lleva IVA?

Es la pregunta que más se repite. La Ley del IVA exenta los servicios de salud prestados por instituciones públicas y de utilidad pública calificadas por Hacienda (art. 46). La consulta privada de un médico inscrito como contribuyente de IVA no aparece en esa lista, así que en general va gravada con el 13 %.

Hay casos que cambian la respuesta (si no estás inscrito en IVA, si atiendes a través de una institución, si cobras a una empresa que te retiene renta). Revísalos con tu contador antes de configurar tus precios.

Qué documentos emite un consultorio

No todos los médicos usan todos, pero estos son los que aparecen en el día a día:

Facturador gratuito de Hacienda o un sistema

Hacienda ofrece un facturador gratuito. Funciona y muchos médicos empiezan con él. Su límite es que es un sistema aparte: escribes de nuevo el nombre del paciente, el servicio y el monto que ya registraste en tu expediente o en tu cuaderno.

Un sistema conectado al expediente factura con los datos de la consulta. Antes de elegir uno, revisa:

• Que transmita directamente a Hacienda con tus credenciales y te muestre el estado de cada documento: sellado, rechazado, pendiente.
• Qué pasa si Hacienda no responde. La normativa prevé un modo de contingencia: el documento se emite y se transmite cuando el servicio vuelve. Pregunta si el sistema lo maneja solo.
• Que siga tu numeración. Si vienes del facturador gratuito, tu número de control debe continuar, no empezar de cero.
• Que cada médico facture a su nombre si en la clínica hay varios con NIT propio.
• Que te ayude con la declaración de IVA, con los anexos del F-07 armados a partir de tus facturas.
• Cuánto cuesta y desde cuándo. Algunos cobran por documento; otros, una cuota fija.

El trámite para facturar desde un sistema

Para que un sistema (y no solo el facturador gratuito) transmita en tu nombre, Hacienda pide un trámite. A grandes rasgos:

1. Tener tus credenciales del portal de Hacienda y tu certificado de firma.
2. Solicitar el uso del sistema de transmisión.
3. Pasar una serie de pruebas: emitir documentos en el ambiente de pruebas de Hacienda hasta completar la cantidad que te piden.
4. Pasar a producción y empezar a emitir documentos con validez.

Si ya facturas con el facturador gratuito, no generes un certificado nuevo sin preguntar: el certificado es uno por NIT y cambiarlo puede dejar sin servicio al sistema que ya usas.

Cómo funciona en REMI

En REMI la factura sale de la consulta. Cierras la atención, cobras y la factura va a Hacienda con los datos que ya escribiste; el paciente la recibe por correo con el sello y el código QR. Emite factura, comprobante de crédito fiscal, nota de crédito y de débito, invalida desde la misma factura y arma los anexos del F-07.

El trámite con Hacienda lo hacemos contigo, y la factura electrónica no se cobra mientras dura: empieza a cobrarse cuando queda activa. Si todavía no estás obligado, sigues entregando el recibo interno.

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Resumen para tu consultorio

• Confirma con tu NIT si ya estás obligado y desde cuándo.
• Revisa con tu contador si tu consulta lleva IVA y qué documento entrega cada tipo de cliente.
• Si vas a usar un sistema, pide que transmita directo, maneje contingencia y siga tu numeración.
• No cambies tu certificado de Hacienda sin saber quién más lo usa.